一、醫藥方面
①分離分析藥物的組合含量：由于一種藥劑常含有多組分，色譜方法是既能分離又能定量的方法。如脂溶性維生素片，含有鉻維生素，有C18柱及含1%碳酸銨的甲醇為流動相。一次即可將各維生素B6、D1、A、E同時分離并定出含量。又如止痛藥或退燒藥也可用此法分離并測得各組分的含量。
②藥物生產中進行中間控制：生產抗菌素時，首先要了解發酵液中的主體與付產物的存在情況。例如：青霉素、四環素、頭孢子菌素、紅霉素、柔紅霉素、慶大霉素等的發酵產物，均可用C18柱和甲醇及緩沖液配制的流動相或用離子對法，分析主體及其收產物的含量。
③分析藥物在體內的殘量：這是近來研究新藥效能很主要的內容之一，如冬凌草甲素是植物中的一組分，有抗癌效果，但是毒性大。測定其在血清中含量很重要，現在可用C18柱及甲醇水為流動相，測定處理后的血清樣品，即可得到血中的含量。如磺胺類藥品在血清及尿中含量也不允許太大，可用C18柱及酸性乙醇為流動相，測定含量后，則可估計zui合適的用藥劑量。又如四環素、巴比妥酸、止痛藥、退燒藥、護糖尿病的藥物等，在血或尿中的含量都可用C18柱用甲醇、水為流動相來測定含量。因此，反相色譜法應用范圍極廣。
④測定藥物在各種器官中的代謝產物，特別是研究藥物的代謝產物在血清中存在的情況。如測血清中的酮酸及戊二酸。測尿中代謝產物更為方便，不需要繁鎖的預處理。因為研究尿中的組分能鑒別病人的代謝功能，對病理研究或監床診斷均具有重要的參考價值。
二、天然產物組分分析方面
天然物的組分非常復雜，如中草藥中各組分含量多少對藥劑作用影響很大。用此技術分離分析，具有簡便、快速的特點。氨基柱能分離分析天然物中糖的組分。氰基柱能分離中藥紫草及其衍生物的組成。硅膠柱能測定成藥中馬錢了堿、苦堿等含量。C18柱分離丹參中主要組分兒茶酚、桂皮中桂皮酸、煙草中的酚類化合物、麥角或中各種植物堿，這些都是近來日益受到重視的結果。
該行業均有使用到液相（分析成分，含量），氣相（分析成分，含量，農殘）及質譜等儀器的潛力，但不同規模的企業對儀器的需求差別很大。目前國家沒有針對性的標準，主要以國家標準（2010版）為參考。
三、生化方面
主要方向是分析嘌呤、嘧啶基的核甙或核甙酸及具有相應的肽和蛋白質。
①在細胞核中有種類繁多的甙及核甙酸，可用不同的檢測器或酶轉移檢測器或利用酶反應進行定性測定。用離子交換柱和緩沖游泳梯度淋洗。C18柱用含磷酸的緩沖水溶液的梯度淋洗法均能得到滿意的結果。
②分析核酸近年來有關分析核酸的研究很多，主要是分離RNA、DNA及碎片。現在使用硅烷化的硅藻土或長碳鏈季胺鹽涂漬＝在上面制成系列填充柱。已能分離t-RNA,r-RNA及DNV碎片。有沒的緩沖液淋洗，還可利用此技術做RNA碎片的序列分離制備工具，對生物研究起了重要的作用。
③氨基酸、肽、蛋白質的分析，氨基酸分析主要是制成熒光衍生物或酰氯的衍生物，然后測定其序列。近來也可用液相色譜的柱后衍生物法測定其序列。操作簡便、速度快、深受歡迎。用四烷基氯化胺肽形成離子對或凝膠色譜測定蛋白質，其分離效果也很好。
（補充下：氨基酸用液相檢測，需用柱前衍生法和柱后衍生法來處理樣品，可參照《氨基酸色譜分離方法簡析》）
④酶的分析，酶是在血清及其他生理樣品中常有的反應產物，化學分析法操作不便，易造成誤差，用色譜技術分析，具有操作簡便、快速、準確的特點。如測定堿性或酸性磷酸酶的含量，測定反應產物中腺甙脫 胺酶的含量等，目前對酶用色譜法分離分析的研究工作已開展很多。
⑤糖的分析，糖的分析是其它方法較難完成的。如把糖與硼酸緩沖液預選混合，使生成糖-硼酸絡合離子，再進行分離。可把蔗乳糖、阿蘆糖、果糖、阿拉伯糖、巖藻糖、半乳糖、山梨糖、木糖、葡萄糖等幾十種，全部分開。也可用胺基柱分離各種天然產物中伯糖的各繃分。
四、食品分析
分析食品或動物飼料中的嘌維生素含量，是當前食品工業中的重要課題。如今此技術已在分析咖啡中的黃嘌泠、調料中的核甙酸及核甙、果汁中的有機酸、米中的維生素、牛奶中的維生素D等都對食品營養價值提供有效數據。
分析食品中的有毒成分，如蘋果中農藥萘乙酸、牛奶中的硝基呋喃腙、食品添加劑石臘油中的苯并芘、魚體中的有機汞等。
五、環境分析
主要針對大氣中污染的成分分析，廢水和汽車尾氣中有害組分的分析。如柴油機排出的顆粒，用有機溶劑溶解后，經色譜分析結果，有多環芳烴的硝基物，這是對人體健康有很大潛在危險的化合物。又如藥廠排出的廢水中有大量硝酚、斯蒂芬酸；染料廠排出廢水中的苯胺等。用液相色譜分析簡便迅速。
六、農業分析
農業中需要對各種作物中的營養成分進行各種含量分析。而液相色譜對多糖、脂肪酸蛋白質等分析都是極為有效的方法，因此應用頗為廣泛。
七、高分子材料的分析
高分子工業材料及生物高分子分析是近年來新興的課題。凝膠色譜是分離分析高分子組成及鑒定其性能的方法。高分子材料中填充各種助劑、乳化劑、分散劑等物的分離，色譜技術也*特點。
①控制高分子產品質量 在生產工藝中，可利用凝膠色譜測定聚合物小分子雜質。如用凝膠色譜測定環氧樹脂中未聚合的雙酚A，用C18柱分離小分子環氧化合物，小分子聚苯乙烯或不能成膜的聚脂等，用以鑒定聚合物的質量。
②測定聚合物的分子量分布寬度 分子量大小和分子量分布寬度是衡量聚合物質量的一種重要指標，用凝膠色譜可以測定。
③高溫凝膠色譜測聚合物的老化、降解現象及分級。如測定聚乙烯分子量應為四萬左右，通過分析可將分子量1000以下的聚乙烯蠟分開。還可用來觀察高密度聚乙烯的氧化過程，觀察聚苯乙烯、環氧樹脂、聚磺酸脂、尼龍及聚醚聚砜等的降解情況。
④測定高分子材料的適用性 日常食品的高分子材料包裝的很多，如果測定食品中有高分子材料，則說明這種高分子材料不適于做食品和包裝。
八、無機分析
自從有了離子交換柱后，液相色譜又有一個新分支——離子色譜。它能分析有機離子化合物，也能分析無機離子。特別是用在一般方法難以分離的陰離子，稀土元素，稀有元素等的分離方面。還可以制成金屬絡合物的結構進行分離，較用萃取比色法測含量方便得多。是一種很有前途的分析方法。
九、化工方面
①利用分析結果找*工藝條件 如抗氧劑對叔丁基酚，為烯烴與鄰苯二酚反應而得，通過反復在工藝過程中對生成各組分的含量分析，可求得*反應溫度及原料配比。可通過硅膠柱分析主體中所出現的雜質求得催化劑的品種及其適當的濃度。
②表面活性劑的分析 表面活性是工業產品中常用的一種原料，其純度與結構應用性能有密切關系，液相色譜的分離有*的效果。如C18柱及甲醇、水為流動相測定非離子表面活性劑時，可得到其純度、分子量大小及添加劑巰基苯并噻唑，也可分離聚乙二醇及吐溫系列物等。
③染料及其中間體的分析 染料中異構物很多，大大影響了染料的色澤。通過分析，了解情況即可在工藝中采取有效措施。如磺酸類染料中間體，可用C18柱及含鹽甲醇為流動相分析。蒽醌類中間體用C18柱及甲醇、水系為流動相。苯胺系列用硅膠柱及含醇環已烷來分離等方法，都很有效。
④有機酸含量分析 沼氣發酵液、果汁、紅茶菌、油廠廢液等均含有各種有機酸，可用離子交換柱及緩沖液為流動相，都能得到好的分離效果。
⑤聚合物單體的質量分析 如雙酚A是環氧樹脂、聚砜、聚碳酸脂的原料，其質量的好壞與聚合物質量有密切關系，其中以所含異丙烯基苯酚的含量影響zui壞，可須知硅膠柱及氯仿流動相分析其含量，然后在工藝中除去。各種醛、酮的二硝基苯腙衍生物，各種烷基酚，羥苛酷酚等均可用此法分離。
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